Imports System.Data.Odbc

Y ahora crearemos una clase pacial de la siguiente manera.

Namespace BDTableAdapters
(Donde BDTableAdapters es el nombre del dataset donde se encuentra el tableadapter al cual se quiere incrementar su tiempo de consulta, en mi caso mi dataset se llama (BD) y TableAdapters se pone por default este hace referencia a los TableAdapters de este dataset).
Partial Class RelacionPagosTableAdapter

(Se crea la clase parcial de esta manera Partial Class + el nombre del TableAdapters que en mi caso se llama (RelacionPagos), y como todo nombre de TableAdapters termina con este de esta manera queda en mi caso RelacionPagosTableAdapter).
Public Sub SetCommandTimeOut(ByVal timeOut As Integer)
(Se añade una funcion el cual se llama en este caso SetCommandTimeOut y recibe de parametro un entero)
For Each command As OdbcCommand In Me.CommandCollection
command.CommandTimeout = timeOut
Next
(Se agrega un ciclo para asignar el tiempo que sera pasado por el parametro)
End Sub
End Class
End Namespace
(cierra fucncion,clase parcial y namespace).

cuando se mande llamar al table adapter antes de ejecutar el fill, ejecutar la funcion que hemos creado y le pasamos el tiempo en segundos.
ta.SetCommandTimeOut(360)

el Namespace puede ser agregado dentro del mismo archivo donde se manda llamar al tableadapter, pero fuera de la clase, o puede ser agregado en un archivo independiente.

El ejemplo quedaria de esta manera.

Namespace BDTableAdapters
Partial Class RelacionPagosTableAdapter
Public Sub SetCommandTimeOut(ByVal timeOut As Integer)
For Each command As OdbcCommand In Me.CommandCollection
command.CommandTimeout = timeOut
Next
End Sub
End Class
End Namespace